Die Ammoniumbelastung der Fließgewässer durch kommunale Abwassereinleitungen ist in den letzten Jahren durch die Umsetzung der kommunalen Abwasserrichtlinie deutlich zurückgegangen, Gülle und Kunstdünger aus landwirtschaftlichen Anwendungen können jedoch immer noch zu erhöhten Belastungen führen.

Auch 2010 wurde an allen Messstationen im Flussgebiet Weser der Orientierungswert nach EG-WRRL von 0,3 mg/l Ammonium-N meist deutlich unterschritten.

Die Ammoniumwerte zeigen eine ausgeprägte jahreszeitliche Abhängigkeit, hauptsächlich hervorgerufen durch gewässerinterne Prozesse und nicht durch das Abflussgeschehen. Die höchsten Konzentrationen finden sich üblicherweise gegen Ende des Winters (Wintermaximum), weil ab dem Frühjahr bei steigenden Temperaturen der Abbau des Ammoniums zu Nitrat (Nitrifikation) im Gewässer und der Verbrauch von Ammonium als Nährstoff für die verstärkte pflanzliche Biomassenproduktion rasch zu niedrigeren Gehalten führen. Die beiden Maxima Anfang Juli und Mitte August sind auf eine überdurchschnittliche Erwärmung des Wasserkörpers zurückzuführen. Dies führte zu einer Phase starker Algenbildung. In deren Folge kam es zu einem verstärkten Absterben des Pflanzenmaterials, bei dessen Abbau stets auch Ammonium freigesetzt wird.

Nur an vereinzelten Messstellen des Flächenmessnetzes sind in der Messperiode 2009 bis 2010 eine Überschreitung des Orientierungswertes festzustellen. Dies ist vor allem in Gebieten mit intensiver landwirtschaftlicher Nutzung und geringen Waldanteilen der Fall.