Mit dem Inkrafttreten der EG-WRRL im Jahre 2000 verpflichten sich die Mitgliedsstaaten, den guten ökologischen und chemischen Zustand möglichst bis Ende 2015 zu erreichen.

Die Fischfauna ist dabei eine wichtige biologische Komponente zur Beurteilung des ökologischen Zustands der Oberflächengewässer. Neben der Gewässergüte sollen sowohl die geeigneten Laich- und Aufwuchsgewässer als auch eine ausreichende Vernetzung der unterschiedlichen Lebensräume sichergestellt werden.

Die Bewertung des ökologischen Zustands der Fließgewässer auf der Grundlage der Fischfauna wird in Deutschland einheitlich mit Hilfe des fischbasierten Bewertungssystems (fiBS) durchgeführt. Ausgangspunkt für die Bewertung bildet in natürlichen Fließgewässern der Vergleich zwischen einer unter natürlichen Umweltbedingungen zu erwartenden Referenzfauna mit der aktuellen Fauna. Dabei wird zwischen häufig vorkommenden Leitarten, typspezifischen Arten des Gewässers und seltenen aber regelmäßig vorkommenden Begleitarten unterschieden.

Eine erste Einstufung des ökologischen Zustands der Oberflächengewässer anhand der Fischfauna ist im Bewirtschaftungsplan 2009 für die Flussgebietseinheit Weser dargestellt. Dabei ist festzustellen, dass die überwiegende Anzahl an Wasserkörpern einen mäßigen oder schlechteren ökologischen Zustand bezüglich der Fischfauna aufweist.