Im Jahre 2003 wurde der europäische Prozess der Pilotflussgebiete ins Leben gerufen. Damals mit dem Hintergrund, die in den Arbeitsgruppen erstellten europäischen Leitfäden durch geeignete Praxistests in den verschiedenen europäischen Staaten und Regionen auf ihre Anwendbarkeit hin zu überprüfen. Die zweite Phase umfasste den Zeitraum 2005/6 und war der praktischen Anwendung der Themen der Arbeitsgruppen des CIS-Prozesses (Common Implementation Strategy) gewidmet. Die Weser beteiligte sich neben 15 weiteren Flussgebieten aus Europa erstmals mit den Themenschwerpunkten Landwirtschaft, kosteneffiziente Maßnahmen, Durchgängigkeit sowie Reporting an diesem Prozess. Auf diese Weise konnten die Erfahrungen aus den Modell- und Pilotvorhaben der Bundesländer auf europäischer Ebene diskutiert, die deutsche Sichtweise gestärkt und ein einheitliches Verständnis der WRRL mitgestaltet werden. Die Pilotflussgebiete stellen ihre spezifische Situation, Vorgehensweisen und Ansätze zu verschiedenen Fragestellungen im Pilot River Basin Activity Report Phase II vor.

In der Zeit von 2007 bis 2010 haben die europäischen Pilotflussgebiete ihre Zusammenarbeit fortgesetzt und widmeten sich in dieser dritten Phase ausschließlich dem Thema Landwirtschaft und WRRL. Es waren nunmehr Vertreter aus 11 Flussgebieten bzw. Flussgebietsnetzwerken verschiedener Nationen an diesem Prozess, der vom Joint Research Centre koordiniert wurde, beteiligt. Nachdem die Phase II mit einem Erfahrungsbericht zur Analyse der landwirtschaftlichen Belastungen und ihrer Auswirkungen abgeschlossen wurde, sollte die Phase III vor allem dem Informationsaustausch dienen. Dazu wurden in Workshops die Schwerpunkte Maßnahmenauswahl und -evaluierung, Erstellung und Umsetzung des Bewirtschaftungsplanes, Nährstoffbelastung, Wasserknappheit, sowie Auswirkungen des Klimawandels und des Energiepflanzenanbaus behandelt und in einem Abschlussbericht festgehalten.