Das Grundwasser liegt verborgen und unsichtbar unter der Erdoberfläche und bildet in der Flussgebietseinheit Weser fast flächendeckend die Quelle für die Trinkwasserversorgung, weshalb der Schutz dieser Ressource eine wichtige Aufgabe der Wasserwirtschaft darstellt.

Im norddeutschen Flachland haben sich in eiszeitlich bedingt abgelagerten Flusskiesen und Sanden teilweise recht mächtige Porengrundwasserleiter gebildet, während im südlichen Festgesteinsbereich Kluft- und Karstgrundwasserleiter anstehen.

Das Grundwasser ist der Belastung von Schadstoffeinträgen, insbesondere von Nitrat und Pestiziden ausgesetzt, die überwiegend diffus von landwirtschaftlich genutzten Flächen ins Grundwasser gelangen. Grundwasser steht im ständigen Austausch mit den oberirdischen Flüssen und Seen und trägt somit auch dort zu einer diffusen Belastung bei.

Naturbedingt werden Schadstoffe im Grundwasser nur sehr langsam abgebaut. Daher ist hier besonders nachhaltig und vorausschauend auf den Schutz vor Einträgen zu achten. Die Europäische Kommission hat dem 2006 Rechnung getragen und ergänzend zur EG-Wasserrahmenrichtlinie eine Grundwasser-Tochterrichtlinie (RL 2006/118/EC) erlassen, in der Umweltqualitätsnormen für Nitrat und Pestizide sowie für weitere Schwellenwerte festgelegt sind, die den guten Zustand des Grundwassers beschreiben und bis spätestens 2027 zu erreichen bzw. zu unterschreiten sind. Der derzeitige Zustand ist im Bewirtschaftungsplan der FGE Weser 2009 beschrieben.