In den vergangenen 40 Jahren erfuhren Werra und Weser infolge der Versalzung eine Degradierung ihrer Lebensräume, eine Verarmung ihrer Lebensgemeinschaften und damit verbunden vielfältige Einschränkungen der wasserwirtschaftlichen Nutzung. Bis heute finden sich im salzbelasteten Abschnitt nur wenige salztolerante Gewässerorganismen. Diese Arten zeigen saisonale Massenentwicklungen und unterstreichen ihre Dominanz in einem Gewässersystem, das unter natürlichen Bedingungen eine große Artenvielfalt aufweisen würde.

Die technischen Maßnahmen zur Reduzierung der Chloridbelastung wurden daher von einem biologischen Forschungsvorhaben begleitet, um unmittelbar die möglichen positiven Auswirkungen auf das Ökosystem zu dokumentieren und Prognosen für zukünftige Entwicklungen aufzustellen. Die Bestandsanalyse verschiedener Organismengruppen dient zusätzlich zum Messprogramm Weser der quantitativen und qualitativen Erfassung von Flora und Fauna sowie der Charakterisierung eines sich verändernden Ökosystems. Wissenschaftlich begleitet wurde dieses Forschungsvorhaben von einem Fachausschuss beim Deutschen Verband Wasserwirtschaft und Kulturbau e.V. (DVWK).

In den Jahren 1993 bis 1999 wurden insbesondere in der Werra, der unteren Fulda sowie der Ober- und Mittelweser Untersuchungen der Fischfauna, des Makrozoobenthos und von Kieselalgen, Wimpertierchen, Phytoplankton und Chlorophyll durchgeführt.