In der Flussgebietsgemeinschaft Weser werden seit dem 1. Januar 1979 in der Weser, Werra und Fulda Untersuchungen zur Wasserbeschaffenheit nach einem sich dynamisch entwickelnden Messprogramm Weser durchgeführt.

Das Programm zur Qualitätsüberwachung Weser 2008 basiert auf den Ergebnissen der Bestandsaufnahme 2005 nach EG-WRRL sowie auf den Ergebnissen des Messprogramms Weser der letzten Jahre. Das Messnetz setzt sich aus 11 festen Messstationen des Grund- und Nebenmessnetzes und aus zusätzlich fast 100 Messstellen des Flächenmessnetzes zusammen. Die sechs Messstellen des Grundmessnetzes beinhalten jeweils eine Messstelle aus jedem Bundesland sowie die Möglichkeit, die Verhältnisse in den Quellflüssen und der Aller abzuschätzen. Die fünf Nebenmessstellen werden nicht auf den gesamten Parameterumfang des Messprogramms untersucht und dienen zur Vervollständigung der Datengrundlage. Das Flächenmessnetz umfasst zusätzlich fast 100 auf das gesamte Einzugsgebiet der Weser verteilte Messstellen.