Für die Einstufung des ökologischen Zustands auf Basis der Fischfauna wird die Abweichung der Referenz- von der aktuell vorliegenden Fischfauna ermittelt und bewertet. Unter der Referenzfauna wird diejenige verstanden, die unter natürlichen Bedingungen in den betrachteten Gewässern vorkommen würde. Die Festlegung der Referenzfauna wird von den Ländern der Flussgebietsgemeinschaft Weser vorgenommen. In den vergangenen Jahren haben die Länder basierend auf historischen Angaben und Fachwissen über die ökologischen Anforderungen der einzelnen Arten für jedes bewertete Fließgewässer die entsprechende Referenzfischzönose in einem länderübergreifenden Koordinierungsprozess beschrieben. Nach Abschluss des Abstimmungsprozesses werden hier für die Werra, Fulda und Weser die Referenzzönosen dokumentiert.