Durch anthropogen verursachte Nährstoffanreicherung (Eutrophierung) kann es in Oberflächengewässern zu einer unnatürlichen Anreicherung von Algen und infolge dessen zu einem Verlust des Sauerstoffgleichgewichtes im Wasser kommen. Der Eintrag von Nährstoffen in das Grundwasser führt zu einer Verschlechterung der Wasserqualität, insbesondere durch erhöhte Nitratkonzentrationen und somit zu höheren Kosten für die Trinkwasseraufbereitung. Die für den Gewässerschutz relevanten Nährstoffe sind Phosphor und Stickstoff. Diese werden überwiegend von landwirtschaftlich genutzten Flächen in die Gewässer eingetragen. Aufgrund des hohen Anteils von Flächen mit landwirtschaftlicher Nutzung im Wesergebiet (ca. 60 %) ist somit die Landwirtschaft der Hauptverursacher von Nährstoffeinträgen. Eine andere Quelle sind kommunale Kläranlagen.

Zur Entwicklung von Strategien und Maßnahmen beteiligt sich die FGE Weser als Modellregion u. a. mit dem Themenschwerpunkt Landwirtschaft und WRRL am europäischen Prozess der Pilotflussgebiete.

In diesem Kontext kann auch das Modellvorhaben AGRUM Weser gesehen werden, das die FGG Weser zur Abschätzung des Nährstoffreduzierungspotenzials von Agrarumweltmaßnahmen initiiert hat.

Für die Belastung der Oberflächengewässer wurden Orientierungswerte für Phosphor festgelegt, deren Nichteinhaltung Hinweise auf mögliche ökologisch wirksame Defizite gibt. Daher sollen diese Werte, die abhängig vom Gewässertyp sind, unterschritten werden, um die Voraussetzungen für den guten Zustand der Gewässer zu erreichen. In ähnlicher Weise existieren für die Grundwasserkörper Qualitätsnormen aus der Grundwasserrichtlinie.

Für die Küstengewässer gilt bereits seit den 1980er Jahren die im Rahmen der Nordseeschutzkonferenz aufgestellte Forderung, die Stickstoffkonzentration um 50 % gegenüber 1985 zu reduzieren. Dieses Ziel ist bisher noch nicht erreicht, jedoch konnte bis zum Jahr 2009 mehr als die Hälfte der vereinbarten Reduzierung realisiert werden.

Zur Erreichung dieser Ziele tragen bestehende Rechtsvorschriften (z. B. die Düngeverordnung) und auch die Veränderung der EU-Agrarpolitik bei.

Um die gesetzten Ziele zu erreichen, bedarf es jedoch weiterer Anstrengungen. So sollen gezielt freiwillige Maßnahmen und Instrumente eingesetzt werden, um die Umweltziele zu erreichen. Besonderer Wert wird dabei auf die Fortführung des gemeinsamen Dialogs mit der Landwirtschaft gelegt.

Zudem wird in einigen Bereichen der FGE Weser der weitere Ausbau der Infrastruktur bezüglich der kommunalen Abwasserbehandlung angestrebt.

Allerdings werden nicht alle Maßnahmen bis 2015 zu verwirklichen sein oder zum Ziel des guten Zustands führen. Zum Beispiel werden die Qualitätsnormen und Schwellenwerte im Grundwasser aufgrund sehr langer Verweilzeiten der Schadstoffe erst nach Jahrzehnten unterschritten werden. Für die meisten belasteten Gewässer wird daher eine Fristverlängerung für die Erreichung des guten Zustands in Anspruch genommen.