Regionale Handlungsfelder bzw. Bewirtschaftungsfragen ergeben sich in urbanen Ballungsräumen durch auftretende Belastungsschübe bei Starkregenereignissen, durch diffuse Schwermetallbelastungen aus dem bereits eingestellten Erzbergbau im Harz sowie aus dem aktuellen Bergbau. Regionale Belastungsquellen für Grundwasserkörper sind der Bergbau, Altlasten, sowie weitere stoffliche Einwirkungen.

Die Belastung durch Starkregenereignisse wirkt sich insbesondere negativ auf die Vermehrung kieslaichender Arten und das Makrozoobenthos aus. In diesen Gebieten, und insbesondere in potenziellen Laich- und Aufwuchsgewässern anadromer Arten (z. B. Lachs) sollen die Kapazitäten zur Reduzierung von Mischwasserentlastungen vergrößert und Regenwassereinleitungen durch gezielte Versickerung reduziert werden. Ist eine Reduzierung durch Versickerung nicht möglich, sollte ausreichend Retentionsvolumen vor der Einleitung geschaffen werden.

Belastungen durch Schwermetalle aus dem ehemaligen und aktuellen Bergbau sollen unter Beachtung des Grundsatzes der Verhältnismäßigkeit verringert werden. Allerdings sind für einige Harzvorlandgewässer die geltenden Normen auch nicht durch Sanierungsmaßnahmen zu erreichen. Dies wurde durch laufende Sediment- und Gewässeruntersuchungen bestätigt. Für diese Gewässer werden weniger strenge Umweltziele formuliert.

In Grundwasserkörpern mit einem schlechten mengenmäßigen Zustand sind die Entnahmen soweit zu reduzieren, dass langfristig die Entnahmen die Grundwasserneubildung nicht überschreiten. In der FGE Weser betrifft dies vorübergehend einen Grundwasserkörper im Werragebiet.